La biodigestión y el compostaje son dos procesos diferentes pero que tienen un objetivo en común que es convertir los residuos orgánicos en un producto útil, de forma que se disminuye el impacto ambiental de lo que es considerado un desecho y se le otorga valor. 

La biodigestión es un proceso biológico que ocurre de forma anaeróbica mediante la acción de microorganismos como bacterias, es decir, se disponen los residuos orgánicos en un depósito cerrado, sin que entre aire hasta que en unos días fermenta. El resultado de esto son dos productos; el biogás (metano y dióxido de carbono) que puede ser utilizado como combustible para generar energía, y el biofertilizante, es empleado para fertilizar las praderas, huertas y hortalizas, disminuyendo el consumo de fertilizantes químicos. 

Por otro lado, el compostaje es un proceso biológico que ocurre de forma aeróbica, es decir convierte los residuos orgánicos en un fertilizante orgánico mediante la acción de microorganismos en presencia de oxígeno. Este abono se utiliza para mejorar la calidad del suelo y proporcionar nutrientes a las plantas.   

El compostaje es un desarrollo más lento que el biodigestor anaeróbico dado que el proceso completo para obtener compost maduro dura unos 5 o 6 meses, mientras que la  segunda opción que permite obtener un biofertilizante maduro en 45 días aproximadamente.   

Los residuos orgánicos que se aprovechan en ambos procesos son similares. Sin embargo, los desechos vegetales son más adecuados para el compostaje y los desechos orgánicos son ricos en carbohidratos o proteínas, por lo que son más compatibles con la digestión anaeróbica. Por tanto, se considera que el biodigestor y el compostaje son procesos complementarios, que dependiendo de las necesidades del usuario se puede definir cuál es mejor.